以下、朝日新聞デジタル版（2018年4月13日10時17分）から。
学校法人「加計学園」の愛媛県今治市への獣医学部新設計画をめぐり、２０１５年４月に当時の柳瀬唯夫首相秘書官（現・経済産業審議官）が首相官邸で県職員らと面会した際に「本件は、首相案件」と語ったと記された文書が、農林水産省内で見つかった。斎藤健農水相が１３日、閣議後の記者会見で発表した。
見つかったのは「獣医師養成系大学の設置に係る内閣府藤原次長・柳瀬首相秘書官との面談結果について」という文書。朝日新聞が１０日に報道し、愛媛県の中村時広知事が県職員が作成したと認めた文書と、ほぼ同じ内容。中村知事は県庁内には残っていないが、農水省や文部科学省、内閣府に配った可能性があるとし、官邸が調査を指示していた。関係機関が文書を公表したのは今回が初めて。
文書には、県や市が国家戦略特区を申請する２カ月前の１５年４月２日、柳瀬氏が官邸で県や市の職員、学園幹部と面会したときの発言として「やらされモードではなく、死ぬほど実現したいという意識を持つことが最低条件」「文科省についても、いい大学を作るのであれば反対しない」と記載されている。安倍晋三首相と学園理事長の会食に触れた内容も記されていた。
また、内閣府で面会した当時の藤原豊・地方創生推進室次長（現・経済産業省貿易経済協力局審議官）の発言として「内容は総理官邸から聞いている」「かなりチャンスがあると思っていただいてよい」との記載もあった。
一方で、朝日新聞が報道した文書の日付が４月１３日なのに対し、農水省で見つかった文書は４月３日になっている。県の対応について記した項目の一部もなかった。
農水省は獣医師行政を所管している。同省によると、１５年５月に消費・安全局で獣医師法を担当する部署に異動した課長補佐級の職員が、前任者から引き継いだ。だが、農水省の管轄事務とは直接関係ないと考え、行政文書としては管理しないまま、保有していたという。
県から受け取ったとみられる前任者は調査に対し、「県の担当者と面会した明確な認識がなく、後任に渡した記憶もないが、後任者が文書を持っているなら、異動時に渡した資料に含まれていたかもしれない」と説明しているという。
斎藤農水相は「当省が作成したものではなく、内容も所管外。それ以上のコメントはない」と話した。
１３日午前、柳瀬氏は農水省内で文書が見つかったことを記者団に問われ、「報道は拝見しました。私のこれまでのコメントの通りです」と述べた。１０日付のコメントは「記憶の限りでは、愛媛県や今治市の方にお会いしたことはない」としていた。藤原氏は「必要なことは内閣府の方に伝えていますので、そちらの方にお尋ねいただければ」と話した。
菅義偉官房長官は１３日午前の記者会見で「内閣府、文科省、厚労省については引き続き調査を行っているが、いまのところ見つかっていないとの報告を受けている」と述べた。
菅氏は、柳瀬氏の主張と県の文書のどちらが事実と考えるか問われ、「政府として答える立場にない。柳瀬元秘書官が『そういうことを言うわけがない』と述べていることも事実だ」とした。そのうえで「政府としては、国民の疑念を招くことがないよう努力する」と強調した。
